La conciliazione giudiziale — oltre ad avere gli effetti sostanziali derivanti dal negozio giuridico che le parti abbiano inteso stipulare (transazione, negozio di accertamento, rinuncia) — ha unicamente l'effetto processuale di determinare la chiusura del processo di cognizione nel quale essa intervenga, con conseguente ordinanza di cancellazione della causa dal ruolo (ed estinzione del giudizio), mentre non ha — come nel regime del codice civile abrogato (art. 1772) — autorità di sentenza irrevocabile; deve quindi escludersi qualsiasi equivalenza tra l'eccezione di intervenuta conciliazione giudiziale e l'exceptio rei judicatae.

La transazione stipulata tra le parti in sede di conciliazione giudiziaria non necessariamente deve essere limitata ai rapporti giuridici dedotti in giudizio, ma può riguardare anche rapporti ulteriori e diversi intercorrenti tra le stesse parti.