Il regime probatorio delle variazioni dell'opera appaltata muta a seconda che queste ultime siano dovute all'iniziativa dell'appaltatore o del committente: nel primo caso, l'art. 1659 c.c. richiede che le modifiche siano autorizzate dal committente e che l'autorizzazione debba risultare da atto scritto ad substantiam; nel secondo, invece, l'art. 1661 c.c. consente, secondo i principi generali, all'appaltatore di provare con tutti i mezzi consentiti, ivi comprese le presunzioni, che le variazioni sono state richieste dal committente.