Anche a seguito del D.L.vo 19 febbraio 1998, n. 51, istitutivo del giudice unico di primo grado, il quale ha novellato (con l'art. 14) l'art. 48 del regio decreto 30 gennaio 1941, n. 12 e introdotto (con l'art. 56) nel codice di procedura civile una nuova sezione (la VI bis nel Capo I del Titolo I del Libro I) dedicata alla composizione del tribunale (artt. 50 bis-50 quater c.p.c.), la questione relativa alla devoluzione di una controversia alla sezione specializzata agraria presso il tribunale o a quello stesso tribunale in composizione ordinaria (monocratica o collegiale che sia) continua a costituire questione di competenza e non di mera ripartizione degli affari all'interno di un unico ufficio giudiziario; è di conseguenza ammissibile il conflitto di competenza d'ufficio, allorquando uno di tali organi contesti la propria competenza individuata dall'altro.

In fattispecie di conflitto di competenza in cui si discuta della devoluzione della controversia alla sezione specializzata agraria o al tribunale in composizione ordinaria, posto che la competenza si determina dalla domanda e che proprio il tenore di essa deve essere verificato ai fini della decisione sulla competenza (essendo solo d'ausilio per tale verifica gli atti e l'eventuale istruzione, che può compiere, peraltro, solo il giudice di merito, ai sensi dell'art. 38, ultimo comma, c.p.c.), ove nel fascicolo d'ufficio rimesso dalla sezione agraria confliggente a norma dell'art. 47, quarto comma, c.p.c. manchi il fascicolo d'ufficio formato dinanzi al tribunale ordinario originariamente adito e dichiaratosi incompetente, e quindi non si rinvenga l'atto rintroduttivo del giudizio davanti a detto tribunale, la Corte di cassazione — stante la mancanza dell'atto contenente la domanda, sulla base del quale dovrebbe procedersi alla individuazione della competenza — si trova nell'impossibilità di effettuare una concreta valutazione, per come richiesta dal giudice che ha sollevato conflitto; tuttavia, allorché, come nella specie, con la riassunzione davanti alla sezione specializzata agraria l'attore (unica parte costituita, essendo il convenuto rimasto contumace) abbia dimostrato di non voler contestare la competenza della sezione specializzata agraria, tale impossibilità comporta che debba dichiararsi la competenza della suddetta sezione.